利用したい機能があるかどうか
CGI・PHP・SSIなどのプログラムや、MySQLなどのデータベース、SSLなどのセキュリティ等は使わない人は使いませんが、必要な方は無いとどうしようもない機能です。
レンタルサーバーで掲示板を運営したいとなると、CGIが動かなければどうしようもありません。
人気のWordPressでブログをと思っても、MySQLが使えなければ仕方ありません。（SQLiteで動かす方法もあるようですが、一般的ではありませんし、逆にPHPの知識が必要等敷居は高そうです。）
ネットショップを開業しようという場合でも、多くのネットショップ用ソフトはMySQLデータベースが必要ですし、SSLを使ったほうがお客さんの安心につながります。
初心者の方には難しいかもしれませんが（実は私も精通しているというわけではありませんが・・・）、利用目的によってはレンタルサーバーがこういった機能に対応しているかどうか、対応している場合はバージョンはいくつなのかといったことも比較検討しなければいけません。
